Биоинформатики 188bet体育_188bet亚洲体育_点此进入 помогли собрать геном российского варианта коронавируса
Научные сотрудники Центра алгоритмической биотехнологии 188bet体育_188bet亚洲体育_点此进入 Дмитрий Антипов и Михаил Райко приняли участие в расшифровке генома российского варианта вируса SARS-CoV-2 — его РНК выделили из мазка заболевшей петербурженки 15 марта. Впервые отсеквенировать «российский» коронавирус удалось исследователям из петербургского Института гриппа имени Смородинцева.
Сегодня внимание врачей и?ученых всего мира приковано к?коронавирусной инфекции COVID-19, которую вызывает вирус SARS-CoV-2. Всего за?несколько месяцев он?стал причиной масштабной пандемии?— каждый день регистрируются десятки тысяч новых случаев заражения. Причем во?время путешествия вируса по?планете его генетическая информация неизбежно меняется: ?итальянские? или ?российские? варианты уже немного отличаются от?изначального ?китайского?.
Чтобы оперативно отслеживать изменения в?геноме SARS-CoV-2, а?также лучше понимать, откуда он?пришел к?человеку и?как он?будет меняться в?будущем, исследователи изучают разные варианты коронавируса?— сегодня прочитаны геномы уже более тысячи образцов со?всего мира. На?днях в?список расшифрованных вариантов вошел и??российский??— его отсеквенировали ученые из?петербургского Института гриппа имени Смородинцева, а?биоинформатики Центра алгоритмической биотехнологии 188bet体育_188bet亚洲体育_点此进入 помогли собрать короткие фрагменты РНК в?единую последовательность.
Когда мы?увидели новости о?секвенировании генома SARS-CoV-2?в НИИ гриппа, мы?сами предложили коллегам помощь со?сборкой. Понимая важность задачи, мы?на?два дня отложили все остальные проекты в?сторону и?занялись ее?решением.
Научный сотрудник Центра алгоритмической биотехнологии 188bet体育_188bet亚洲体育_点此进入 Дмитрий Антипов
Как объяснил Дмитрий Антипов, геномная последовательность SARS-CoV-2 оказалась довольно небольшой?— всего около 30?тысяч нуклеотидов (для сравнения?— в?ДНК человека 3,2 миллиарда пар нуклеотидов). При этом бионформатикам пришлось работать с?огромными объемом сырых данных, полученных после секвенирования,?— их?размер составлял 18?гигабайт. Все?же решение этой задачи оказалось для ученых привычным, ведь одно из?главных направлений лаборатории?— разработка инструментов для сборки геномов, причем часто гораздо более сложных, чем вирусные.
?У?РНК-вирусов довольно высокая изменчивость,?— рассказал Михаил Райко. —?И?это довольно важное свойство: с?одной стороны, нам важно отличать возникающие мутации от?ошибок, возникающих при чтении генома. С?другой стороны, скорость возникновения новых мутаций важна при разработке вакцины?.
Чем быстрее мутирует вирус, тем больше вероятность, что разработанная вакцина в?какой-то момент перестанет быть эффективной.
Научный сотрудник Центра алгоритмической биотехнологии 188bet体育_188bet亚洲体育_点此进入 Михаил Райко
Все полученные последовательности генома вируса из?разных стран, в?том числе и??российская?, объясняет Михаил Райко, собираются в?общую базу данных GISAID, которая изначально разрабатывалась для мониторинга новых штаммов вируса гриппа. Сегодня там можно увидеть филогенетическое дерево нового вируса и?его распространение по?планете со?временем. Вирус меняется, поэтому ученым важно понимать, с?каким именно вариантом они имеют дело и?откуда он?пришел.
Результаты работы по?расшифровке и?сборке генома SARS-CoV-2 позволили ученым из?Института гриппа и?их?коллегам из?Сколтеха выяснить, что в?целом ?российский? коронавирус мало отличается от?исходных ?китайских? вариантов, но?все-таки генетически он?ближе к?европейским образцам. Чтобы получить больше информации, отмечают исследователи, нужно и?дальше продолжать секвенировать различные штаммы, встречающиеся по?всему миру.
?Я?очень рада, что Михаил и?Дмитрий смогли помочь коллегам из?петербургского Института гриппа имени Смородинцева. Ошибки сиквенса, равно как и?ошибки сборки, ведут к?неправильной интерпретации данных и?неверным выводам, а?в?сложных ситуациях на?их?исправление и?переанализ всегда мало времени,?— отметила заместитель директора Центра алгоритмической биотехнологии Института трансляционной биомедицины 188bet体育_188bet亚洲体育_点此进入, профессор 188bet体育_188bet亚洲体育_点此进入 Алла Лапидус. —?Сегодня высококлассных специалистов-биоинформатиков катастрофически не?хватает, и?в?критических ситуациях это становится особенно заметно. Вот почему совершенно необходимо как можно активнее создавать высокого уровня бакалавриаты, магистратуры и?аспирантуры по?биоинформатике, чтобы растить кадры, которые крайне востребованы во?всех сферах нашей жизни?.