Биоинформатики 188bet体育_188bet亚洲体育_点此进入 первыми из российских ученых получили грант Фонда Цукерберга
Биоинформатики Центра алгоритмической биотехнологии 188bet体育_188bet亚洲体育_点此进入 стали первыми российскими учеными, получившими грант Фонда Цукерберга на развитие своих проектов SPAdes и QUAST. Разработанные ими программы имеют открытый код и используются тысячами специалистов в области геномики по всему миру.
?Инициатива Чан?— Цукерберга? (Chan Zuckerberg Initiative)?— благотворительный фонд?Марка Цукерберга и?его супруги Присциллы Чан, основанный в?2015?году. Его целью является помощь в?решении сложных социальных проблем, среди которых искоренение болезней и?повышение качества образования. Грант, который получил коллектив лаборатории ?Центр алгоритмической биотехнологии? 188bet体育_188bet亚洲体育_点此进入, направлен на?поддержку программ с?открытым исходным кодом, необходимых для биомедицинских исследований.
Лаборатория ?Центр алгоритмической биотехнологии? была создана в?188bet体育_188bet亚洲体育_点此进入 в?конце 2014 года в?рамках проекта мегагрантов 188bet体育_188bet亚洲体育_点此进入 для решения важнейших вычислительных задач современной биомедицины. Флагманский продукт лаборатории?— программа SPAdes (Saint Petersburg Assembler)?— используется тысячами специалистов в?области геномики по?всему миру. Разработанная учеными Санкт-Петербургского университета программа восстанавливает полную первичную структуру геномной ДНК, то?есть фактически расшифровывает генетический код.
QUAST (Quality Assessment Tool)?— это программа, определяющая качество геномных сборок. Инструмент принимает несколько сборок, поэтому подходит в?том числе для их?сравнения. Таким образом, программы связаны логикой геномного проекта: оценка качества данных?— сборка данных?— оценка качества сборки?— научный анализ.
Это уникальный грант, аналогов которому нет. Он?является признанием значимости для мировой науки пакета программ, созданных нашей лабораторией. Мало кто создает некоммерческие программы такого уровня и?качества, а?в?России это без лишней скромности единственный бренд с?десятками тысяч пользователей по?всему миру и?признанием лидерства обоих продуктов самыми строгими и?придирчивыми экспертами.
Заместитель директора Центра алгоритмической биотехнологии Института трансляционной биомедицины 188bet体育_188bet亚洲体育_点此进入 Алла Лапидус
По?ее?словам, мало создать хороший продукт, его также нужно достойно поддерживать технически?— это масштабная и?дорогостоящая работа, требующая высокой квалификации участников. ?SPAdes и?QUAST являются программами с?открытым исходным кодом, и?компаниям невыгодно поддерживать их?финансово. "Инициатива Чан?— Цукерберга" тем и?ценна, что при распределении грантов она учитывает не?только роль научной составляющей, но?и?потребность в?дорогой "ненаучной" составляющей, без которой науке не?на?что опираться?,?— отметила Алла Лапидус.
Победители конкурса отбирались по?следующим критериям: продемонстрированное научное влияние проекта, ценность проекта, обеспечиваемая предлагаемым объемом работ, роль проекта в?экосистеме с?открытым исходным кодом. Наряду с?качественными материалами при экспертной оценке учитывались такие критерии, как количество цитирований или упоминаний проекта в?научной литературе, количество потенциальных участников и?разнообразие организаций, которые они представляют, а?также опыт участия и?вклад в?связанные проекты в?прошлом. Еще одним критерием при распределении грантов является потребность в?дорогой ?ненаучной? составляющей проекта.
Грант будет выдан на?два года, а?его сумма составит около 150?000?долларов. Деньги поступят в?Санкт-Петербургский государственный университет и?будут потрачены исключительно на?расходы в?рамках работ по?проекту.
По?мнению сотрудника Центра алгоритмической биотехнологии 188bet体育_188bet亚洲体育_点此进入 Антона Коробейникова, конкурс ?Инициативы Чан?— Цукерберга? существенным образом отличался от?российских грантовых конкурсов.
Здесь не?надо было сразу подавать большую и?подробную заявку. На?первом этапе нужно было отправить так называемое письмо о?намерениях, где коротко описывалась идея: что мы?хотим сделать, почему, какую пользу это принесет биомедицинскому и?научному сообществу.
Сотрудник?Центра алгоритмической биотехнологии 188bet体育_188bet亚洲体育_点此进入 Антон Коробейников
?Всевозможные бюрократические нюансы и?требования на?этой стадии были минимизированы. Прошедших во?второй раунд исследователей просили подать уже полноценную заявку?,?— рассказал?он.
По?словам Антона Коробейникова, большая часть поддержанных ?Инициативой Чан?— Цукерберга? проектов?— это хорошо известные в?своей области инструменты, которыми пользуются тысячи, если не?десятки тысяч ученых. Показательно, что некоторыми из?них он?сам пользуется несколько раз в?неделю.